1、停機后低溫制冷劑的處理 當復疊式制冷機在停止運轉后，系統內部溫度會逐漸升高到接近環境溫度，低溫部分的制冷劑就會全部汽化成過熱蒸氣，這時低溫部分的壓力將會超出制冷系統允許的最高工作壓力這一非常危險的情況。當環境溫度為40℃時，低溫部分允許的最高絕對壓力為1. 079MPa。為解決這一問題，大型系統采用高溫系統定時開機，以維持低溫系統較低壓力，但這種方法耗功大，或者將低溫制冷劑抽出裝入高壓鋼瓶中。對于小型復疊式制冷裝置，通常在低溫部分的系統中連接一個膨脹容器，當停機后低溫部分的制冷劑蒸氣可進入膨脹容器，如系統中不設膨脹容器，則應考慮加大蒸發冷凝器的容積，使其起到膨脹容器的作用，以免系統壓力過高。
2、系統的啟動 由于低溫制冷劑的臨界溫度一般較低，所以復疊式制冷機在啟動時，必須先啟動高溫部分，當高溫部分的蒸發溫度降到足以保證低溫部分的冷凝壓力不超過允許的最高壓力時，才可以啟動低溫部分，例如:對于使用R22與R13的二元復疊式制冷循環，要先將R22的蒸發溫度降至-15℃以下，這時低溫系統中R13的最高冷凝溫度大約為-10℃，相應的飽和壓力為1. 5616 MPa(在允許值內)，對于小型復疊式制冷循環，高低溫部分可同時啟動，但在低溫系統上必須裝設壓力控制閥，以保證系統的安全。
3、溫度范圍的調節 復疊式制冷循環的制冷溫度是可以調節的，但有一定的溫度范圍。因壓力比不能太大，所以吸氣壓力不能調節得太低，這就決定了它的下限溫度不能太低。同時，吸氣壓力也不能調得太高，因為隨著吸氣壓力的升高，蒸發溫度也升高，當蒸發溫度高到一定程度時，就失去了復疊式循環的意義。而且隨著吸氣壓力的升高，冷凝壓力也升高，一般壓縮機的耐壓為2MPa。為使壓縮機和制冷系統能正常工作，復盛式制冷循環的蒸發溫度在調節時一般不高于-50℃，也不應低于-80℃。
