冷庫氣流組織方面存在的問題。對于大多數冷庫的凍結間，其冷風機的風向風量大多不可調，其氣流組織也存在布風不均、冷風旁通量大、食品上中下側及迎風面與背風面溫差和風速差大等問題，使凍品降溫速度快慢不均，延長了整體凍結時間，迎風面食品干耗嚴重，食品的質量不能很好地保證，也浪費了能量。
制冷設備選型、管理與維護方面存在的問題。由于設計人員在設計階段計算過于保守，余量考慮過大，可能使設備選型過大，這無疑增加了初投資和運行費用。設備的使用過程中，如蒸發器除霜、不凝性氣體的排放與潤滑油的分離不及時、冷卻水水質未經處理等都將引起設備傳熱性能的惡化，增加能耗。
能量綜合利用方面存在的問題。冷庫作為一個耗能大戶，它消耗了大量的電能，必然向周圍環境放出大量的熱量。當前的大部分冷庫對于廢熱的利用比例甚小，冷庫的廢熱絕大部分通過冷卻塔(或風冷式、蒸發式等各種冷凝器)釋放給了周圍環境。而對于用熱的單位企業甚至冷庫生產的輔助車間，可能再次消耗電能或其他能源。
冷庫自控方面存在的問題。當前不少冷庫采用自動控制系統，但自動化的綜合程度較差，制冷壓縮機、冷凝器、蒸發器及其輔助設備的自控系統各自為政、互相獨立，雖然這種系統的可靠性較高，但節能效果不明顯，井不能真正實現設備間的最優化配置，操作管理不方便，這種自動控制系統只能是半自動系統。
