氨制冷系統使用的是天然的氨制冷劑，不會產生溫室效應，而氟利昂冷庫則會造成嚴重的溫室效應，現在我國正在推行禁氟，一般的大型庫是不建議使用氟利昂的,氨制冷系統的造價成本低，氨氣制冷劑的價格比氟利昂要低，使用氨氣的制冷系統多是使用無縫鋼管，而氟利昂制冷系統則需配套相應的銅管。閥件方面氨制冷系統多使用鑄造件，而氟利昂制冷系統多使用銅制閥件。氨制冷系統有一定發生爆炸的風險，但是只要嚴格執行安全制度，風險是可控的;而氟利昂制冷系統發生爆炸的概率幾乎為零，但是氟利昂是破壞臭氧層的元兇，在(蒙特利爾議定書)中R22被限定2020年淘汰。
氨有強烈的刺激臭味，所以發生泄漏時很容易被發現，當發生泄漏時，如果處理得當，一般是不會發生爆炸的，氨在常溫下不易燃燒，加熱至350℃時，分解為氮和氫氣，氫氣與空氣中的氧氣混合后會發生爆炸。與空氣混合的體積分數在11%~14%時即可燃燒;在16%-25%時遇明火可能爆炸;在0.5%~0.6%時，人在其中停留半小時就會中毒。對于氨氣泄漏可以用水霧進行稀釋，氨極易溶于水，0℃時每升水能溶解130L氨氣。我國很大比例的存最冷庫庫齡已經長達20-30年，且基本都使用氨制冷機組。這些冷庫的制冷管網系統老舊，存在較大的安全隱患,一旦發生泄漏，后果嚴重。
目前，我國國內的大型冷庫主要制冷劑有氟利昂和氨氣制冷劑。目前在我國市場上5000萬噸以上的冷藏庫主要以氨制冷系統為主，5000萬噸容最以下的一般是氟利昂制冷系統。因為氨制冷劑價格比較便宜且制冷效率高，故一般用在5 000萬噸以上的庫體。
