食品真空冷凍干燥工藝流程大致如下:原料→凍干預處理→冷凍干燥→包裝貯藏等。其中凍結和干燥兩個過程是整個工藝的重點。由于食品種類、品種、預處理方式、凍結快慢、含水率及凍干機性能等多種因素影響，目前還沒有一種通用的工藝流程。
(1)原料 首先要選擇優質的食品原料進行凍結干燥，這是獲得高質量凍結干燥產品的前提。
(2)凍干預處理 指凍結前對食品進行必要的物理、化學處理，如清洗、分級、切分、粉碎、燙漂、殺菌、添加抗氧化劑、濃縮等。食品原料不同，預處理的內容也不相同。
(3)冷凍干燥 冷凍干燥階段包括凍結、升華干燥和解吸干燥。
(4)包裝貯藏經過冷凍干燥的食品含水率很低，其多孔疏松結構極易吸濕和氧化，所以一定要進行包裝。一般要求包裝材料安全、無毒副作用、不吸濕、不透氣、能遮光、有一定的機械強度，能滿足機械充填、密封要求，并易于貯運和使用。
經過包裝的冷凍干燥食品，在條件允許的情況下，盡可能放置于低溫環境中貯藏。如果貯藏溫度偏高，極易出現結塊、變色、塌陷等現象，從而影響貯藏期。
