為使蓄冷系統的運行既能充分滿足不斷變化的負載要求，又能確保安全、經濟的效果，必須具備較完善的控制手段。作為整個蓄冷系統的控制，除了制冷機組的安全運行控制、容量控制、運行工況的轉換控制，以及通常的空調供水、回水溫度的控制外，還應包含蓄冷運行工況和供冷運行工況之間的轉換控制。
在蓄冷工況和供冷工況運行轉換控制方面，如果采用的是全量蓄冷系統，問題比較簡單。在采用分量蓄冷時，便要解決制冷機與蓄冷裝置之間的供冷負荷如何合理分配的問題。這就涉及到控制策略問題，常用的控制策略有三種:即制冷機組供冷優先、蓄冷槽供冷優先及優化式控制。
1)制冷機組供冷優先。這是指在既可以由制冷機組直接供冷，也可以由蓄冷槽供冷的情況下，選擇盡量利用制冷機組作滿負荷運行供冷。只有當空調冷負荷超過了制冷機組的供冷能力時，才起用蓄冷槽，令其承擔不足部分的負荷。這種控制的實施簡便，運行可靠。但是，蓄冷槽的使用率低，不能蛟大限度地削減高峰用電負荷、節約運行費用。
2)蓄冷槽供冷優先。這是指在既可以由制冷機組直接供冷，又可以由蓄冷槽供冷的情況下，確定優先盡量發揮蓄冷槽的供冷能力。只有當蓄冷槽的供冷能力不足以滿足負荷要求時，才起動制冷機組供冷。顯然，這一策略的成功實施比較復雜。設想，如果安排失當，一旦當蓄冷槽的供冷能力耗盡，而制冷機組的供冷能力又不足以滿足實時負荷要求，則必將影響用戶使用要求。所以，實施這一策略的前提是要有對空調供冷負荷的預測，以便做到既要最大限度地高效率利用蓄冷槽的蓄冷能力，又要確保其在任何時刻具備能力，以補充制冷機組應付實時負荷能力之不足。
3)優化式控制。這是一種建立在電子計算機控制技術基礎上的控制方式。利用電子計算機對前一天系統運行中的各項參數進行快速及時的采集、運算、處理，進而對未來一天逐時負荷和蓄冷槽的逐時供冷能力，作出精確的計算和預測，并相機實施自動適應性調整，以求充分利用晝夜電價差，實施最經濟的優化運行模式。
