1. 制冷方式
冷藏船下一般都裝有制冷裝置，船艙隔熱保溫，多采用氨或氟利昂制冷系統；制冷劑主要是NH?、R22和R502。冷卻方式主要是冷風冷卻，也可以向循環空氣系統不斷注入少量液氮，還可以用一次注入液體二氧化碳或液氮等方式進行冷卻，冷卻系統應根據冷藏船的用途來選擇，運輸水果和冷卻肉的則采用空氣冷卻裝置；運輸凍結食品的則采用鹽水系統，鹽水管為排管，是用無縫鋼管以電焊或氣焊焊接而成。
2. 制冷系統
制冷機房設置在隔倉間或在主機間，氮制冷機多半設置在隔倉間，這里通風良好，當發生事故時，人們逃生方便。氟利昂制冷機組設置在主機間，為了防止氨系統發生事故時，氨氣向其他房間散發，氨制冷系統應設置在單獨的房間內，制冷間的降溫通過不同溫度的鹽水系統來完成。船上的機房較狹小，所以制冷裝置要盡可能地緊湊，但又要為維修留下空間。考慮到生產的經濟性和在船上安裝的快速性問題，為了適應船上的快速安裝要求，已越來越多地采用系列化組裝部件，其中包括若干特殊結構。環境溫度的變化容易引起滲入冷卻貨艙內的熱量的變化，因此必須控制制冷裝置的負荷波動，所以，船用制冷裝置上一般裝有自動能量調節器，以保持貨艙溫度恒定不變。在運輸過程中，為了確保制冷裝置連續工作，必須裝備備用機器和機組。
（1）漁業冷藏船的制冷系統
漁業冷藏船上配備隧道式凍結裝置和其他速凍設備，比如平板凍結裝置液體和流態凍結裝置等。漁業冷藏船的制冷壓縮機大多采用高速多缸、有能量調節功能的短行程的壓縮機。目前，螺桿制冷壓縮機被廣泛應用，由于具有壽命長、運行可靠、制冷量大且可以無級能量調節等特征，適用于冷藏船運輸。
冷藏倉容量需要滿足凍結和儲藏1~2個月的漁獲量，冷藏溫度需要根據易腐貨物的種類調節至最佳溫度。比如，凍結水產品時，要求控制在-18℃
以下，并有低溫化的趨勢。對于某些水產品，一些國家采用-25℃或-0℃冷藏溫度甚至更低溫度，如金槍魚要求控制在-60℃~-50℃范圍內。如果冷藏艙超過2000立方米，則需要配置兩套制冷設備系統，其中一套備用。
冷藏船、冷藏艙應該隔熱保溫，隔熱結構應考慮到金屬外殼同支架肋骨和船梁等形成的“冷橋”，一般多采用軟木板或碎塊軟木板為隔熱材料，船舷的標準隔熱層是由幾層涂熱瀝青的軟木板，總厚度為200~240毫米，由兩層20毫米木板組成的鋪板固定于支柱上，鋪板間放有兩層羊皮板或油毛氈，支柱用螺栓固定于船身肋骨上。考慮到實際環境溫度變化較大，有時氣溫高達40℃以上，有時又低至-40℃。在設計計算隔熱層時，隔熱層的傳熱系數K<0.5瓦/平方米·度。
（2）運輸冷藏船的制冷系統
運輸冷藏船的冷藏容積在3500立方米時，制冷機組的制冷量為470千瓦，而對于同容積的漁業船來說，如果帶有凍結裝置，則要求制冷量更大，如凍結量為每晝夜50小時，則制冷量高達1200千瓦，冷藏溫度越低時，所需的制冷量越大。以我國198噸拖網漁船制冷系統為例進行介紹。該船為近海捕撈拖網漁船，設有150立方米（約66噸）魚艙，艙溫為±2℃。采用直接盤管冷卻和碎冰冷卻，用于魚品保鮮設計的漁船用于拖網作業，每船每天起網3次，每網產量20噸，日產60噸，平均每航次作業11天。制冷裝置采用雙缸活塞式制冷壓縮機，標準制冷情況為32500瓦（R134a），制冷機及輔助設備均裝在主機艙內，采用集中控制和遠距離溫度測量，制冷裝置在給定溫度下可自動啟動、運行、停車。另外，漁船出海時帶冰28噸，以備制冷裝置發生故障時應急之用。制冷系統由壓縮機、分油器、冷凝器、儲液器、過濾器、干燥器、供液電磁閥、膨脹閥、蒸發盤管、氣液分離器組成。壓縮機配用22千瓦的電動機。
隨著冷藏集裝箱的不斷發展以及應用的日益普遍，在我國，冷藏集裝箱已成為水路運輸的主要方式，逐漸替代運輸船冷藏貨艙，實現易腐貨物的運輸。不難預測，冷藏集裝箱運輸船將成為水上運輸的主要工具。
