制品的密封已干燥產品是一種疏松的多孔物質，有很大的內表面積，如果暴露于空氣之中，就會吸收空氣中的水分而潮解，增加產品的殘水含量。其次，空氣中的氧、二氧化碳與產品接觸，一些活性基團就會很快產生不可逆的氧化作用。再者，空氣中如含有雜菌，還會染污產品。因此，制品干燥后，最好在凍干箱內密封后取出，現在所生產的凍干機基本上都有此功能。有的用氣囊壓塞，有的用雙螺桿壓塞，比較多的是用液壓壓塞。
若用安瓿分裝，或者凍干機沒有箱內壓塞功能時，產品凍干完后，需放人無菌干燥空氣（或純度為99.99%的氮氣）至箱內，產品出箱后再加塞、壓塞、抽空、檢驗真空、蠟封（或壓鋁蓋）或者熔封
（熔封則不加塞和抽空），這一過程需在無菌室中操作，且盡量縮短時間，也可分批出箱密封，或者將其移人一干燥柜中，分批密封。
安瓿熔封最好使用雙焰或交叉火焰。火焰長度僅需10mm左右，用煤氣或中性煤氣的熱量就已足夠。若將丁烷與空氣混合作燃料，除硬質玻璃外，均不需加氧氣。火焰應圍繞安瓿的拉長處運動，不能在火焰上靜置，否則易引起破裂。安瓿熔封后應放在支架上冷卻，不然容易出現裂紋。若用單頭火焰熔封，應將安瓿作正、反兩方向旋轉，避免玻璃破裂或產生應力。用熱焰加熱過的地方，要用冷焰退火幾秒鐘，在密封冷卻后頂部用氯丁橡膠甲苯溶液徐覆，以免產生裂縫。
