冷鏈物流的組織運營應該以三個方面為主要目標：服務快速及時、低成本和質量。
首先，物流作為第三產業，就是根據客戶的需求來提供相應的服務，所以，物流運營要以客戶為中心，樹立“客戶第一”的經營理念。在物流系統中，流通處理以及配送業務就是其服務性的表現，要保證快速及時將貨物運送到目的地，這也是需要冷鏈物流運送的貨物的特性所決定。在技術方面，近年來出現的準時供應方式（JT）、柔性供貨方式等，降低了成本，保證了質量。
一、快速及時
及時性是服務性的延伸，既是用戶的硬性要求，也是社會發展進步的必然趨勢。隨著社會大生產的發展和用戶需求的增加，對物流快速、及時性的要求日益強烈。現在，在物流領域采用的直達運輸、聯合一貫運輸、時間表系統等管理和技術，就是這一目標的體現。
二、低成本
由于流通過程中消耗大且又基本上不增加或不提高商品的使用價值，所以依靠節省來降低投資，是提高相對產出的重要手段。在物流領域中除了可以在流通時間上進行改善降低成本，還可以在物流領域推行集約化經營方式，提高物流能力，以實現降低物流成本的目標。
三、質量
質量是物流供應鏈運營管理中的核心目標，冷鏈物流與其他形式的物流最大的不同之處在于，在商品流通過程中必須將易腐、生鮮食品從產地收購、加工、儲藏、運輸、銷售直到消費的各個環節都置于適當的低溫環境中，以保證食品的質量，減少食品的損耗，防止食品的變質和污染。所以，質量是冷鏈物流運營中一個不可或缺的目標。
