水產品運輸可通過水、陸、空進行。運輸方法包括傳統密閉式運輸法、無水濕法運輸、干法運輸和科技含量高的機組運輸。此外，還有眾多的輔助運輸手段，如麻醉輔助運輸等。
1. 傳統的密閉式運輸法
密封式運輸所使用的工具通常是尼龍袋。運輸方法是先往尼龍袋中注入約1/3袋的水，然后放入適量水產品，排出袋內的空氣后，向袋內充氧，最后將袋口扎緊。但是當所運的魚類是大口鲇、叉尾、云斑和鱖魚等鰭條有硬刺的魚類時，為了防止其將袋子刺破而影響運輸結果，用橡膠皮充氧袋或用2~3層尼龍袋運輸較安全。可將尼龍袋扎口后直接運輸，也可以將尼龍袋放在盛有水的大容器內，在水中加冰，讓塑料袋浮于水面。這樣可以起到防震的作用，同時間接降低了水溫，以降低魚的新陳代謝強度，保持了袋內的良好水質。當采用尼龍袋運輸時，途中要注意檢查，是否有松口或者袋子被刺破的情況，要及時換袋和補充氧氣。如果運輸途中不方便攜帶氧氣瓶，可以準備多只已充氧的備用尼龍袋。
2. 無水濕法運輸
還有一些比較特殊的魚，如鰻魚、泥鰍、烏龜和黃鱔等，在運輸中，它們并不一定要完全浸泡在水中，只需要保持皮膚的濕潤即可存活，大大簡化了運輸過程。運輸時采用水草裹住魚體或對魚體淋水等方法以維持一個潮濕的環境，避免水分的大量蒸發和表面干燥而影響呼吸，使魚能借助皮膚呼吸作用生存一定時間。但要注意防止太陽直射。此種方法也可長距離（2~6天）運輸，成活率達90%。
3. 干法運輸
干法運輸主要是指無水充氧包裝和低溫木屑包裝運輸。運輸密度大，成本低，不需要進行水質管理。以日本對蝦為例，包裝運輸時直接往袋中放5千克的活蝦，攤平后充氧，然后封口放入泡沫箱中密封。木屑包裝運輸是將已經在-15℃冷凍間內冷凍48小時的木屑鋪在箱底約1厘米，然后攤平放約1.7千克的蝦，再放一層木屑，接著放3.3千克左右的蝦，一般擺2~3層，再蓋上木屑，然后在箱內側封上冰袋，最后封箱。干法運輸時，經過10~18小時，存活率高達90%。
4. 機組運輸
長途且較大規模活魚運輸時，一般采用集裝箱或者專門的汽車運輸機組，具有自動化、易操作和運輸量大等優點。運輸裝置一般由發電機組、照明裝置、循環水泵、制氧機、過濾裝置、殺菌裝置和制冷機及活魚倉組成，其中過濾和殺菌是兩個重要環節。過濾主要是去除水體中一些固定顆粒物和氨氮，目前應用于過濾的材料也比較多。用于汽車運輸機組中的過濾裝置是：在腈綸棉粗濾和活性炭吸附除臭的基礎上，再用膜式微孔過濾器精濾。活魚船空間較大，在甲板面積條件許可的情況下，應使過濾面積足夠大，過濾材料為細沙+活性炭+珊瑚石。日本頗受推廣的過濾裝置有兩種：一種是以泡沫分離裝置為主，生物過濾為補充的過濾器；另一種是碳化棉過濾器。有資料顯示，沸石去除氨氮效果顯著。在運輸機組中，用于殺菌的方法主要有臭氧和紫外線殺菌法。
