包裝材料按照避光，無毒，不產生化學反應，密封性能良好的要求，凍干食品的包裝容器和材料有金屬罐、玻璃瓶、塑料復合袋（梅拉-薩冉樹脂一一聚乙烯，即MSP）、鋁箔復合膜（即AFC）等。
金屬罐密封性、避光性等均優，但較昂貴，適用于貴重的或長期儲存制品的儲存，玻璃瓶密封性也優，但重且透光，除速溶咖啡等還在使用外，現在很少被采用。
塑料復合袋價廉，易熱封，但單層塑料薄膜有高的透氣性和高的透光率，所以不宜單獨使用，復合使用時密封性亦不如鋁箔復合膜。
從價格、重量、避光和密封性等綜合性能來看，較理想的包裝材料還是鋁箔復合袋和某些鋁箔復合疊層。下列復合疊層可用于凍干食品的包裝：鋁箔十聚乙烯；玻璃紙+聚乙烯十鋁箔十聚乙烯；紙+聚乙烯十鋁箔十紙十聚乙烯；玻璃紙+聚乙烯十鋁箔十紙十聚乙烯
