加工前食品中存在一定種類和數量的微生物。然而微生物污染食品后，能否導致食品的腐敗變質，以及變質的程度和性質如何，受多方面因素的影響。一般來說，食品發生腐敗變質，與食品本身的性質、污染微生物的種類和數量以及食品所處的環境等因素有著密切的關系，而它們三者之間又是相互作用、相互影響的。
（1）食品的氫離子濃度 各種食品都具有一定的氫離子濃度。根據食品H范圍的特點，可將食品劃分為兩大類：酸性食品和非酸性食品。一般規定pH在4.5以上者，屬于非酸性食品：pH在4.5以下者為酸性食品。微生物都有其最適宜的pH范圍，食品中的氫離子濃度可影響菌體細胞膜上電荷的性質，進而影響對物質的吸收能力：改變酶的活力，影響微生物的正常代謝等。因此食品pH的高低是制約微生物生長、影響食品腐敗變質的重要因素之一。
大多數細菌最適生長的pH是7.0左右，酵母菌和霉菌生長的pH范圍較寬，因而非酸性食品適合于大多數細菌及酵母菌、霉菌的生長；細菌生長下限一般在pH4.5左右，pH3.3~4.0以下時只有個別耐酸細菌，如乳桿菌屬尚能生長，故酸性食品的腐敗變質主要是酵母菌和霉菌的生長。
（2）食品的滲透壓不同微生物種類對滲透壓的耐受能力大不相同。絕大多數細菌不能在較高滲透壓的食品中生長，只有少數種能在高滲環境中生長。如將微生物置于低滲溶液中，菌體吸收水分發生膨脹，甚至破裂；若置于高滲溶液中，菌體則發生脫水，甚至死亡。
（3）食品的存在狀態完好無損的食品，一般不易發生腐敗，如沒有破碎和傷口的馬鈴薯、蘋果等，可以放置較長時間。如果食品組織潰破或細胞膜碎裂，則易受到微生物的污染而發生腐敗變質。
（4）貯藏溫度溫度是影響微生物生長繁殖最重要的因素之一。在一定溫度范圍內，機體的代謝活動與生長繁殖隨著溫度的上升而增強。
（5）貯藏環境的氣體成分引起微生物變質的氣體很多，一般O?關系最大，控制O?可抑制大多數微生物生長，有效延長食品保鮮期。
（6）貯藏濕度水分對維持微生物的正常生命活動是必不可少的。干燥會造成微生物失水、代謝停止以至死亡。不同的微生物對干燥的抵抗力是不一樣的，以細菌的芽孢抵抗力為最強，霉菌和酵母菌的孢子也具較強的抵抗力，依次為革蘭陽性球菌、酵母菌的營養細胞、霉菌的菌絲。
（7）貯藏的其他環境條件另外環境中是否含有防腐劑、氧化劑、殺菌劑和輻射，污染微生物的數量和種類等，也是影響微生物生長的主要因素。所以保藏食品的過程中，為了防止腐敗變質有時采用添加防腐劑、殺菌劑等化學試劑來保藏食品。
