凍干機的清洗有手工清洗和機械在線清洗，現代醫藥凍干機多采用機城在線清洗（CIP）。
清洗方式根據機器的不同狀況，清洗程序各不相同，在潔凈環境下，利用凍干箱使用的間隙時間進行的日常清洗有下列一些方式
①清洗水由水泵吸人經管道閥門，噴嘴沖洗凍干箱、冷阱等的內部表面，將污染物和雜質帶走，污水從底部排出。一般來說，清洗水不得循環使用，因為這樣有造成全面污染的危險。但是有的生產廠家為了節約清洗水，將整個清洗過程分成粗洗和精洗兩個階段。在清洗水系統中多設一個粗洗水槽，粗洗時，用此水槽作儲存容器進行循環清洗。精洗時，將清洗水系統與此水槽斷開，清洗水只作一次性使用。
②用一定濃度的碳酸氫鈉或氫氧化鈉水溶液，經噴淋循環清洗，然后用一次性蒸餾水沖洗，且陪徹底清洗干凈，不得留有清洗劑的殘留物。
③更換凍干品種時，若凍干箱內的殘留物靠沖洗較難干凈，則需先用清洗劑手工擦洗，然后用蒸餾水機械沖洗。
清洗完后，用軸空或吹入無菌干燥空氣（氣體）進行干燥。
