1. 微生物與蔬菜的變質
由于新鮮蔬菜含有大量的水分，且其pH處于很多細菌的生長范圍之內，因此，細菌是引起蔬菜腐敗的常見微生物。由于蔬菜具有相對較高的氧化一還原電勢及缺乏平衡能力，因而引起蔬菜腐敗的細菌主要為需氧菌和兼性厭氧菌。
2. 微生物與水果的變質
由于水果的pH大多低于細菌生長的pH范圍，因此，由細菌引起的水果腐敗現象并不常見。水果的腐敗主要是由酵母菌和霉菌引起的，特別是霉菌。為避免水果在貯藏過程中受到霉菌的污染，收獲水果應在其合適的成熟季節并避免果實損傷：采摘用具必須衛生，霉變的果實應銷毀：低溫和高CO?在水果貯運過程中有助于防止水果霉變。但對各種水果要區別對待，因為有些水果種類對低溫和高CO?較敏感。
3. 微生物與肉、禽類的變質
微生物引起肉類腐敗現象主要有發黏、變色、長霉及產生異味等。發黏主要是由酵母菌、乳酸菌及一些革蘭陰性細菌的生長繁殖所引起。肉類的變色現象有多種，如綠變、紅變等，但以綠變為常見。綠變是由H?O?引起的，另外還可由H?S引起。能使肉類產生變色的微生物還有產生紅色的黏質沙雷桿菌，產生藍色的深藍色假單胞菌屬，及產生白色、粉紅色和灰色斑點的酵母菌等。長霉也是鮮肉及冷藏肉中常見的變質現象，例如，白分枝孢霉屬和白地霉可產生白色霉斑臘葉枝霉可產生黑色斑點，草酸青霉可產生綠色霉斑等。通常都伴有各種異味的產生，如因乳酸菌和酵母菌作用而產生的酸味以及因蛋白質分解而產生的惡臭味等。
4. 微生物與蛋類的變質
帶殼蛋類中常見的腐敗微生物有假單胞菌屬、小球菌屬、沙門菌屬等細菌，有毛霉屬、青霉屬、單胞枝霉屬等霉菌，而圓酵母屬則是蛋類中發現的唯一酵母菌。
污染蛋類的微生物首先使蛋白質分解，系帶斷裂，蛋黃因失去固定作用而移動：隨后蛋黃膜被分解成為散黃蛋，發生早期變質現象：散黃蛋被腐敗微生物進一步分解，產生H?S、引哚等腐敗分解產物，形成灰綠色的稀薄液并伴有惡臭，稱為瀉黃蛋，此時蛋即已完全腐敗。有時腐敗的蛋類并不產生H,S而產生酸臭，蛋液不呈綠色或黑色而呈紅色，且呈漿狀或形成凝塊，這是由于微生物分解糖而產生的酸敗現象，稱為酸敗蛋。當霉菌進入蛋內并在殼內壁和蛋白膜上生長繁殖時，會形成大小不同的霉斑，其上有蛋液黏著，稱為黏殼蛋或霉蛋。
5. 微生物與魚貝類的變質
污染魚貝類的腐敗微生物首先在魚貝類體表及消化道等處生長繁殖，使其體表黏液及眼球變得渾濁，失去光澤，鰓部顏色變灰暗，表皮組織也因細菌的分解而變得疏松，使魚鱗脫落。同時，消化道組織潰爛，細菌即擴散進入體腔壁并通過毛細血管進人肌肉組織內部，使整個魚體組織分解，產生氨、H?S、吲哚、糞臭素、硫醇等腐敗特征產物。一般地，當細菌總數達到或超過10個/g時，從感官上即可判斷魚體已進入腐敗期。
