正常運轉中維護的目的是，保證設備安全運轉，延長設備的使用壽命：保證設備發揮最好的運行效果：滿足用戶的使用要求。
維護的主要內容如下。
①經常注意凍干機的凍干過程中實測的凍干曲線是否與設定的凍干曲線吻合。
②保持壓縮機、真空泵組、溶液泵，液壓泵、水環泵、冷卻水泵等的摩擦部件有良好的潤滑條件。保持壓縮機曲軸箱、油封真空泵有足夠的油位和壓縮機油泵有足夠的油壓。保持油的潔凈。回油裝置的回油狀況良好。
③注意各設備的軸承溫度和運轉電流，監聽其運轉聲音，檢查壓縮機的結霜情況和制冷劑視液鏡中有無氣泡出現。
④檢查溶液進、出擱板的溫差。
⑤經常檢查各監測儀表和控制系統的工作狀態。
⑥經常保持設備處于清潔狀態，特別是控制室的清潔，還應保持其適當的溫度和相對濕度，以保證計算機等控制設備運行正常。
⑦注意各系統的焊縫、法蘭、螺紋連接處是否有工質（制冷劑、加熱油、液壓油）和空氣（真空系統）泄漏。
雖然現代醫藥凍干機均是計算機自動控制、并自動記錄和存儲凍千工藝參數的。但操作人員還應按時（如每隔1一2h）記錄其中的主要工藝參數（凍干箱溶液進出口溫度、真空度、拎阱的溫度和真空度），壓縮機、溶液泵的主要運行參數（如壓縮機的吸、排氣壓力，溫度，油壓差，制冷劑液體溫度，冷卻水進、出口溫度，溶液泵進、出口壓力等），為以后運轉、維修和故障處理提供可靠的分析依據。
