鮮蛋的冷藏是在已經冷卻的基礎上開始的。在高溫庫中冷藏鮮蛋已積累了比較豐富的經驗，概括起來主要有三句話：庫房要消毒，按質專室存；管理責任明，裝卸四個輕：堆垛要留縫，日夜不停風。
1. 庫房要消毒，按質專室存
鮮蛋是鮮活商品，它需要新鮮空氣，因此在鮮蛋旺季到來之前，對高溫庫要進行全面消毒。每到淡季對庫房進行全面清掃，用漂白粉或石灰消毒，對冷庫墊木等用具進行清洗（用熱肥皂水）、消毒、曬干，徹底消滅霉菌。冷藏室打干風換新鮮空氣。
鮮蛋進庫冷藏前要把庫內溫度降至-1~0℃，相對濕度在80%~85%，這樣有利于保持鮮蛋的質量。
按質專室存，是指高質量的同類食品應用專門冷藏室貯存。如每年三四月份的鮮蛋質量較好（一、二類蛋），就應劃定專門冷藏室，貯滿為止，不再進出，保持溫度、濕度的穩定，有利于貯存期的延長。這類鮮蛋貯存八個月后，一般變質率僅4%~5%，而非專室貯存的鮮蛋六個月后變質率達7.4%。專室貯藏鮮蛋既有利于保證質量，又有利于其他商品的貯存。
2. 管理責任明，裝卸四個輕
冷藏室要有專職管理人員，倉管員對冷庫性能要心中有數。貯藏時，鮮蛋不應和其他有異味的食品如蔥、蒜、魚類、汽油等一起堆放。鮮蛋與蘋果可以并倉貯存，因為蘋果含水分較少；而橘子、梨因為含水分多，就不能與鮮蛋并倉，以免鮮蛋濕度高而生霉變質。裝卸時要做到四個輕，即做到輕拿、輕放、輕裝、輕卸。
3. 堆垛要留縫，日夜不停風
鮮蛋在堆裝時每隔幾箱要留一條縫，堆垛與堆垛之間留一點距離，能夠順利通風，以保證鮮蛋質量。
鮮蛋在冷藏期間，冷藏溫度以低于0℃為好，這樣有利于保持蛋的品質。但如果溫度過低會使蛋內容物凍結而膨脹，使蛋殼凍裂而損傷。多年來的試驗證明，主要可采用兩種貯存鮮蛋的溫度及濕度：第一種，溫度0~1.5℃，相對濕度80%~85%，冷藏期為4~6個月：第二種，溫度為-1.5~2.5℃，相對濕度為85%~90%，冷藏期為6~8個月。在鮮蛋冷藏期間，庫溫波動在24h內不超過±0.5℃。冷藏間溫度高，打冷風：溫度低，打干風，保持24h不停風。在整個冷藏過程中，每晝夜應不少于兩次檢查庫內溫度、濕度變化情況。同時應注意要及時換入新鮮的空氣，排除污濁的氣體。新鮮空氣的換入量一般是每晝夜2~4個庫室的容積。
