冷庫的鼠害不僅會造成巨大的經濟損失，而且還會咬食肉品，污染食品，傳播疫病，破壞冷庫的隔熱結構，損壞建筑設施。由于被老鼠咬破電線而引起冷庫火災的報道也時有耳聞。故應經常檢查，發現鼠害立即采取滅鼠措施。
鼠類一般是通過周圍環境潛入冷庫，有時與食品一同進人，因此應設法使冷庫周圍地區沒有老鼠。在接收物品時，應仔細檢查，特別是帶有外包裝的食品，更應仔細檢查，以免把鼠類帶進冷庫內。
目前，冷庫內常用的滅鼠方法有器械捕鼠、化學藥物滅鼠和二氧化碳氣體滅鼠。一般采用機械捕鼠器來捕捉冷庫內的老鼠，但效果不太理想。化學藥物滅鼠，因藥物有毒，使用時應特別謹慎。最理想的是用二氧化碳來滅鼠，不但無毒，而且效果顯著。
（1）器械捕鼠 用鼠夾或用電子捕鼠儀。有一種電子捕鼠器，用電壓為220V的電源，有三根輸出電線，經電子設備可控制產生1500V電壓，三根單線各能延長1km，分別安置三個方向（室內或室外），可以同時捕鼠，老鼠接觸即斃，同時發出命中信號，命中率為100%。
（2）化學藥物滅鼠 效果較好的是敵鼠鈉鹽滅鼠。敵鼠鈉鹽的配方是先將藥物用開水溶化成5%溶液，然后按0.025%~0.05%濃度與食餌混勻即成。此外，國外還介紹一種廣譜滅鼠劑“Vacor”，即使老鼠少量吃進后，也會在8h內死亡，而其他動物、鳥類誤食后卻無毒。
盡管如此，藥物滅鼠只是輔助手段，仍以適宜的建筑最為有效。國外已廣泛應用微生物制劑進行滅鼠，但主要用于牧場、農田、溫室、住宅、倉庫、貨場、禾垛、草垛、菜園、果園等場所，目前尚無安全用于食品冷庫的報道。
（3）二氧化碳氣體滅鼠 因二氧化碳氣體無毒，在使用時不用搬開食品，但對操作人員有室息作用，因此操作時工作人員要戴上氧氣呼吸器。二氧化碳氣體滅鼠，不但無毒，而且效果顯著。做法是：1m的庫房空間用濃度25%的二氧化碳氣體0.7kg，或用濃度35%的二氧化碳氣體0.5kg，緊閉庫門24h即可達到徹底滅鼠的目的。同時二氧化碳氣體也具有滅菌的性能，對于好氧菌有抑制作用，且庫內溫度和食品的堆放皆不需要改變，省時省力。
