冷藏集裝箱內部的貨物堆裝方式，對冷藏集裝箱內部氣流組織的影響較大。
由于氣流總是向流動阻力最小處流動，因此要保證冷藏集裝箱內部良好的氣流組織分布，必須做到：①在任何情況下冷藏箱內部的貨物裝載高度不能超過最高貨物裝載線，以確保冷藏箱內部有足夠的回風通道，使氣流能順利返回到制冷裝置。
②在任何情況下不能有直接裸露的T形風軌，必須使冷藏箱整個底部處于被貨物或其他遮蓋物覆蓋的狀態。在貨物裝截量不足時，在未被貨物包裝箱覆蓋區域，必須用硬板紙等將底部全部覆蓋住，使送入冷藏箱底部T形風軌的冷風只能從貨物裝載區向上流動，并從貨物內部或表面吹過，帶走熱量，形成良好的箱內流量循環，下送風式冷藏集裝箱氣流組織如圖5-11所示。
由于果蔬等貨物在運送過程中存在著呼吸現象，一般多用有透氣孔的包裝箱裝載。因此，在裝載果蔬類冷藏貨物時，應注意使上下箱的透氣孔對齊，從而使冷卻空氣能從對齊的透氣孔穿過而帶走貨物所釋放的熱量。對在運送過程中不產生熱量的冷凍貨物，一般用密封的包裝箱包裝，由底部T形風軌送入的冷風，僅僅從冷凍貨物的外部吹過，帶走通過箱壁傳入的熱量，保證貨物處于低溫狀態。
