發生蒸發器堵塞的原因一般是存在鈣鎂結垢堵塞、纖維、毛發、可溶性無機鹽等物質堵塞住了蒸發器。
這個時候首先采用物理清洗法，通過高壓水槍沖刷冷凝器銅管內的污垢。通常來說，管內的軟垢就會被直接沖刷掉，但如果內部結構是硬垢，那就要用到化學清洗法，因為水流很難沖刷掉硬垢，只能通過使用化學藥物（如檸檬酸、稀鹽酸等化學物質）來中和反應掉水垢、鐵銹、腐蝕物等異物。
蒸發器易生異物集中在四個點中：
蒸發器管道，建議在使用一年以上的根據堵塞情況選擇清洗
蒸發器的噴嘴，雖然蒸發器噴嘴一直是在運作當中，但是也會夾雜些許異物常年累積下來也會堵塞
蒸發器彎管在運作時也會截留下來一定量的異物，這也是需要清洗的
管道閥門，蒸發器的管道閥門容易產生結晶異物，結晶往往是跟隨材料的增厚而發生的。
總體來說清洗蒸發器可以采用水槍高壓沖洗法（物理清洗法）、機械刷管清洗法（物理清洗法）、酸洗法（化學清洗法）等。
