水垢對水側換熱器的性能影響很大，常用的防垢措施與除垢方法有下列幾種。
水垢的預防措施
a.清除或降低水中的硬性礦物質，控制產生沉淀性鹽類的硬度值，鈣鹽與鎂鹽的水溶物是硬性化合物，而鈉鹽的水溶物是軟性化合物。因而可用鈉來置換無機物中的部分鈣和鎂，即對冷卻水進行軟化處理，使硬水變成軟水。
b.控制影響水垢形成的無機物溶解度條件。影響水垢形成的因素主要是水的硬度、堿度和總的溶解度，這些因素又受到循環系統水的蒸發量、補給量和排放量三者的影響，水蒸發時是以純水狀態離開系統，而無機物溶質卻留在系統中，補入的新鮮水帶入了新的溶質。如果保持冷卻水循環系統儲水量不變的話，那么由于蒸發會使水中無機物溶質濃度不斷增加，當超過其溶解度時就會產生沉淀和結垢。因此這些因素需要合理的設計與操作來控制。
水垢的清除 對于水側換熱器及水路中的水垢常采用化學法清除。除垢劑一般分為固體除垢劑和液體除垢劑。除垢時，按一定濃度將除垢劑加入水系統中，開啟水泵水系統循環運行30 ~40min，排凈循環過的水溶液，再用清水將系統沖洗干凈。
