蒸發式冷凝器受結構形式的限制，其除垢很困難。有的制冷系統在進行蒸發式冷凝器除垢時，反復采用熱泵循環，將蒸發式冷凝器管外污垢與金屬管同時加熱，利用其與金屬熱脹冷縮量不同的性能，經降溫使翅片管上的水垢脫落。但這種操作復雜，實際效果不好，一般很少使用。通常對冷卻水進行軟化處理以防止蒸發冷凝器結垢。
(1)蒸發式冷凝器的水系統中初期注入的水應經過水處理，最好初期注入的是蒸餾水。
(2)在循環水管上安裝磁水除垢器。除垢器的結構安裝位置如圖4一9和圖4一10所示。
冷卻水進入冷凝器前流經除垢器的橫向磁場，改變了結晶條件，使構成水垢的碳酸鈣結晶疏松而呈渣狀，且附著力極低，極易被冷卻水沖走，然后在水池中沉淀，故可定期排出。
(3)在冷卻水循環水池內加入0.01%的運行去垢劑或0.5%的鍋爐除垢劑，使水池內的冷卻水軟化。這種方法簡單易行，只需經常排除水池下部沉淀的鹽類物質，應注意水中的藥物濃度，就可防止蒸發式冷凝器結垢。
冷凝器的除垢是非常短效的，雖然已有的除垢方法有長期的效用，但需用管理的輔助手段來加強。國外還用臭氧等方法加上自動程序來定時除垢，以達到長期除垢的目的。
