設備腐蝕。循環冷卻水系統中，換熱設備主要采用銅材或碳鋼材料。長期使用循環冷卻水會發生腐蝕穿孔，其腐蝕原因是多種因素造成的。一是冷卻水中溶解氧引起的電化學腐蝕。敞開式循環冷卻水制冷系統中，水與空氣能充分地接觸，因此水中溶解的O2可達飽和狀態，當碳鋼與溶有O2的冷卻水接觸時，由于金屬表面的不均勻性和冷卻水的導電性，在碳鋼表面會形成許多微電池，微電池的陰、陽極上分別發生氧化還原的共軛反應。
各種因素對碳鋼引起的腐蝕常使換熱器管壁被腐蝕穿孔，形成滲漏，或工藝介質泄漏入水中，損失介質，或冷卻水深入其中，使系統運行受到影響。如某單位制冷機組蒸發器水管腐蝕穿孔，水滲入蒸發器內，隨制冷劑進入半封閉壓縮機，造成壓縮機電機絕緣破壞，燒毀。
微生物的滋生和粘泥污垢。冷卻水中的微生物一般是指細苗和藻類。在新鮮水中一般細菌和藻類都較少，但在循環冷卻水中，由于養分的濃縮、水溫的升高和日光照射，給細菌和藻類創造了迅速繁殖的條件。大量細菌分泌出的粘液，像粘合劑一樣能使水中的灰塵雜質和化學沉淀物等粘附在一起，形成粘糊糊的污染，它們粘附在換熱器的傳熱表面上.這種污染有人稱它為生物粘泥，也有人把它叫做軟垢。軟垢積附在換熱器管壁上，除了會形成氧的濃差電池引起腐蝕外，它們還會使冷卻水的流量減少，從而降低換熱器的冷卻效率，嚴重時，這些生物粘泥會將管子堵死。在制冷與空調機組中，冷凝器冷卻水管堵塞，會造成冷凝器換熱效率下降、冷凝壓力超高、制冷壓縮機耗能嚴重、制冷效率下降等問題。
