由于水源熱泵技術利用地表水作為空調機組的制冷制熱的源，所以具有以下優點:
屬可再生能源利用技術。水源熱泵是利用了地球水體所儲藏的太陽能資源作為冷熱源，進行能量轉換的供暖空調系統。其中可以利用的水體包括地下水或河流、地表的部分河流、湖泊和海洋。地表土壤和水體不僅是一個巨大的太陽能集熱器，收集了47%的天陽輻射能量，比人類每年利用能量的500倍還多(地下的水體是通過土壤間接地接受太陽輻射能量)，而且是一個巨大的動態能量平衡系統，地表的土壤和水體自然地保持能量接收和發散的相對均衡。這使得利用儲存于其中的近乎無限的太陽能或地能成為可能。所以說，水源熱泵利用的是清潔可再生的能源。
高效節能。水源熱泵機組可利用的水體溫度冬季為121℃~221℃，水體溫度比環境空氣溫度高，所以熱泵循環的蒸發溫度提高，能效比也提高。而夏季水體為18℃~35℃,水體溫度比環境空氣溫度低，所以制冷的冷凝溫度降低，使得冷卻效果好于風冷式和冷卻塔式，機組效率提高。據美國環保署EPA估計，設計安裝良好的水源熱泵，平均來說可以節約用戶30%~40%的供熱制冷空調的運行費用。
運行穩定可靠。水體的溫度一年四季相對穩定，其波動的范圍遠遠小于空氣的變動， 是很好的熱泵熱源和空調冷源，水體溫度較恒定的特性使得熱泵機組運行更可靠、穩定，也保證了系統的高效性和經濟性，不存在空氣源熱泵的冬季除霜等難點問題。
