原料清洗多采用水為溶劑，清洗液的溫度、種類和pH都會改變清洗效果，一般蔬菜清洗往往選用氯系制冷清洗劑，但會與食品成分反應產生氯化合物，對人體有害，因此必須以其他種類的殺菌劑替代。以下是常用殺菌劑種類。
1.氯化合物類殺菌劑此類殺菌劑以氯為主，在水溶液中形成次氯酸(HOCI），可有效殺死細菌，其反應快速且價格便宜，但對熱及有機物不穩定，且容易產生氯化合物殘留。影響氯水消毒效果的因素包括：作用時間、溫度、濃度和pH等。
2.二氧化氯(CLO?)此類殺菌劑價格較貴，但在有機物存在時不會影響殺菌活性，主要是以自由基氧化含硫基氨基酸而達到殺菌效果，不會氧化酚類化合物造成變色，也不會形成氯化合物。
3.電解酸性離子水以離子交換膜電解0.5%食鹽水在陽極產生的酸性電解清洗劑，包括高活性氧氣、氯氣、次氯酸及高濃度氫離子，pH約為2.7，氧化還原電位+ 1 100mV，對腸內菌具有良好的殺菌效果。
4.臭氧對水微溶，分解速度快，極不安定，易與有機物結合分解為H?O和CO?，但不會產生三鹵甲烷有害殘物。此類殺菌劑有極強的氧化殺菌特性，主要是破壞細菌細胞膜，因此廣泛運用，若選用于蔬菜清洗，則必須配合高壓裝置，使臭氧有效溶于水中。
5.其他有些蔬果會選用過氧化氫(112q)或有機酸清洗原料，其中有機酸無殘留濃度的問題，但過氧化氫則須注意此問題，通常以過氧化氫酶來分解殘留過氧化氫，使殘留問題得以控制。
