原料清洗多采用水為溶劑，清洗液的溫度、種類和pH都會(huì)改變清洗效果，一般蔬菜清洗往往選用氯系制冷清洗劑，但會(huì)與食品成分反應(yīng)產(chǎn)生氯化合物，對(duì)人體有害，因此必須以其他種類的殺菌劑替代。以下是常用殺菌劑種類。
1.氯化合物類殺菌劑此類殺菌劑以氯為主，在水溶液中形成次氯酸(HOCI），可有效殺死細(xì)菌，其反應(yīng)快速且價(jià)格便宜，但對(duì)熱及有機(jī)物不穩(wěn)定，且容易產(chǎn)生氯化合物殘留。影響氯水消毒效果的因素包括：作用時(shí)間、溫度、濃度和pH等。
2.二氧化氯(CLO?)此類殺菌劑價(jià)格較貴，但在有機(jī)物存在時(shí)不會(huì)影響殺菌活性，主要是以自由基氧化含硫基氨基酸而達(dá)到殺菌效果，不會(huì)氧化酚類化合物造成變色，也不會(huì)形成氯化合物。
3.電解酸性離子水以離子交換膜電解0.5%食鹽水在陽極產(chǎn)生的酸性電解清洗劑，包括高活性氧氣、氯氣、次氯酸及高濃度氫離子，pH約為2.7，氧化還原電位+ 1 100mV，對(duì)腸內(nèi)菌具有良好的殺菌效果。
4.臭氧對(duì)水微溶，分解速度快，極不安定，易與有機(jī)物結(jié)合分解為H?O和CO?，但不會(huì)產(chǎn)生三鹵甲烷有害殘物。此類殺菌劑有極強(qiáng)的氧化殺菌特性，主要是破壞細(xì)菌細(xì)胞膜，因此廣泛運(yùn)用，若選用于蔬菜清洗，則必須配合高壓裝置，使臭氧有效溶于水中。
5.其他有些蔬果會(huì)選用過氧化氫(112q)或有機(jī)酸清洗原料，其中有機(jī)酸無殘留濃度的問題，但過氧化氫則須注意此問題，通常以過氧化氫酶來分解殘留過氧化氫，使殘留問題得以控制。
