氣調庫門與庫體之間也應保證密封，而一般的冷庫隔熱門是達不到氣密要求的。在氣調庫氣密性實測中發現氣調庫門是整間庫房的薄弱點。
早期氣密門多為鉸鏈轉開式，目前則多為滑移門，其吊軌有坡度，門扇到了關閉位置會下降，依靠橡膠條與地面緊密接觸。其余的氣密做法有：在庫門及門框周圍均安裝橡膠墊圈，有些還采用可充氣墊圈；關門后，在門框四周用封泥或膠帶封死；門框下部用水封等。
氣調庫的門為單扇推拉門，門上有一個600 mm×760 mm的小門用來在果蔬儲藏期間供人進入庫內觀察果蔬儲藏情況、了解風機運轉情況、供分析取樣等。該小門上一般設觀察窗，以便于用肉眼觀察庫內果蔬樣品、了解庫內設備運轉情況。沿門框和入孔門扇周邊貼有一圈可充氣的橡膠圈或軟性橡膠圈，用專用的壓緊螺栓沿門的周邊將門扇緊緊地壓在門框上以增加密封性。氣調庫一定要選用專門為氣調庫設計的氣密門、密封窗。
