1.O?的濃度不適宜反而使果蔬、切花腐爛或缺氧呼吸O?的濃度過低，由于無氧呼吸，產生異味。如當O?為1%時，蘋果、香蕉、油梨、西紅柿等果實會產生酒精味。
在O?濃度過高(>10%)時會使果蔬的腐爛率增高，有的病害也與氧的濃度有關，當O?的濃度增加時，蘋果的虎皮病逐漸嚴重。
2. CO?濃度過高會使果蔬中毒高濃度CO?會引起果實多種組織褐變，如果心發紅，梨產生褐心，香蕉引起中毒。
在CO?為15%以上時，草莓、香蕉、橙、蘋果和其他果品通常都會產生異味，并出現顏色的變化，這種CO?的中毒又隨低溫和低氧而加重。
3.需多庫房不同的果蔬切花要求有不同的溫度和氣體成分。因此，各品種應單獨存放，因此增加了造價。一般氣調庫都建成一庫多間的結構。
4.氣調庫比普通冷庫投資較高。
