冷卻系統應根據冷藏船的用途來選擇，運輸果蔬和冷卻肉的則采用空氣冷卻裝置；運輸凍結食品的則采用鹽水系統，鹽水管為排管，是用無縫鋼管以電焊或氣焊焊接而成。圖7-15為船用制冷裝置布局示意圖，船上條件與陸用制冷設備的工作條件大不相同，因此船用制冷裝置的設計、制造和安裝，需要具備專門的實際經驗。在設計過程中，一般應注意以下幾個方面的問題：
1.船上的機房較狹小，所以制冷裝置要盡可能緊湊，但又要為修理留下空間。考慮到生產的經濟性和在船上安裝的快速性問題，已越來越多地采用系列化組裝部件，其中包括若干特殊結構。
2.設計船用制冷裝置時，要注意船舶的擺動問題。在長時間橫傾達15°，和縱傾達5°的情況下，制冷裝置必須能保持工作正常。
3.與海水接觸的部件，如冷凝器、泵及水管等，必須由耐海水腐蝕的材料制成。
4.船下水后，環境溫度變化較大，對于高速行駛的冷藏船，水溫可能每幾個小時就發生較大變化，而冷凝溫度也要相應地改變，船用制冷裝置需按最高冷凝溫度設計。
5.環境溫度的變化還會引起滲入冷卻貨艙內的熱量的變化，因此必須控制制冷裝置的負荷波動，所以，船用制冷裝置上一般都裝有自動能量調節器，以保持貨艙溫度恒定不變。
6.運輸過程中，為了確保制冷裝置連續工作，必須裝備備用機器和機組。
7.船用制冷壓縮機的結構形式與陸用的并無多大差別，但由于負荷波動強烈，壓縮機必須具有良好的可調性能。因此，螺桿式壓縮機特別適于船上使用。
河運冷藏船，貨艙的隔熱層采用軟木板、礦物軟木等材料制成，隔熱層的厚度不超200mm。貨艙的冷卻采用鹽水冷卻系統，制冷系統的制冷量為58~175kW。
隨著冷藏集裝箱的普及與發展，目前水上運輸大部分已采用冷藏集裝箱代替運輸船冷藏貨艙來進行易腐貨物的運輸。冷藏集裝箱運輸船將成為水上運輸的主要工具。
