1)凍結。降溫速度和凍結終溫對冷凍干燥速度有很大影響。快速凍結可以獲得均勻致密的干制品，對食品分子的細胞膜和蛋白質破壞小，復水后食品彈性好，持水力強，但干燥過程中水蒸氣有較大的擴散阻力。目前，凍結終溫常選擇比食品最大凍結濃度時的溫度低5~10℃。表23-9為部分果蔬食品最大凍結濃度時的溫度。
2)升華干燥。又稱為一次干燥，是利用升華的方法，去掉食品中的自由水。在這個階段盡量使供給升華界面的熱量，等于升華所需的熱量，以保證食品凍結部分不融化，已干燥的部分不塌陷。
3)解吸干燥。又稱為二次干燥，是去除以吸附方式存在于食品中的結構水。因吸附的能量很大，所以在此階段，必須提供足夠的熱量，同時又要保證食品不發生塌陷、焦化現象，并有合適的最終剩余水分，一般為2%~5%。
