擱板溫度的控制生物醫藥凍干機均用電加熱，利用控制電加熱器的通斷，可以方便地控制加熱量和溫度。一一般采用兩種方式。
（1）階梯式升溫即將升溫階段分成若干區段，在每區段開始時接通加熱器升溫，當擱板（介質）溫度達到該段設定值上限時，切斷加熱器，保溫到該段時間結束，再轉入下區段的升溫。此種方式中每區段擱板的升溫速率不進行控制，但因制品升溫滯后于擱板的升溫，因此制品的升溫速率與預定的接近。
（2）跟蹤式升溫根據制品要求的升溫速率，制定出擱板升溫速率曲線，將實測的擱板升溫速率與對應時刻要求的升溫速率曲線相比較，確定加熱器的通斷時間比例，并不斷修正這個比例使實際升溫曲線跟蹤要求的升溫曲線，這種方式能較準確的進行過程控制。
