冷鏈物流組織運營的基本內容包括：冷鏈物流需求預測、設施選址、冷鏈物流中心設施及設備管理、冷鏈物流中心運輸管理、客戶服務及訂單管理、冷鏈物流中心庫存控制、冷鏈物流信息管理、冷鏈物流成本控制、冷鏈物流質量控制等。
一、冷鏈物流需求預測
冷鏈物流需求預測是指冷鏈物流企業根據上一季度數據或市場調查進行預測，準確及時地了解目標客戶對于物流的具體要求，使企業能夠調整資源分配，努力促進這一目標的實現，從而提高客戶滿意度和公司核心競爭力。
二、設施選址
優化路徑是經濟學中經常提到的概念，一個戰略性選址能幫助企業降低成本，提高服務質量，提升物流效率。合理的設施位置還能縮短生鮮食品從產地到零售商，再到消費者手中的配送時間，降低物流成本。
三、冷鏈物流中心設施及設備管理
冷鏈物流中心設施及設備是冷鏈物流系統的物質基礎和條件，直接影響冷鏈物流服務的質量和成本。冷鏈物流中心設施及設備管理包括冷鏈物流設施的規模、中心平面圖布置、設備類型選擇、單元負載的選擇、設備的指派等。
四、冷鏈物流中心運輸管理
如今冷鏈物流不被大范圍推廣的很大原因在于其運輸成本太高。首先是運輸的車輛要經過一系列的改裝，并非傳統運輸車就可以做到的；其次是對于運輸人員的要求也較高，必須保證時效性，運輸的產品才不會變質，較快捷便利的方式是空運，但成本高。
五、冷鏈物流中心組織管理
一個良好的管理制度才能發揮這個組織最大的效率，對于冷鏈物流系統人力資源的管理是建立合理化的冷鏈物流系統并使它有效運營的根本。冷鏈物流中心組織管理決策包括企業的管理架構設計、工作設計、勞動定額、定員編制等。
六、客戶服務和訂單管理
不論是客戶服務還是訂單管理，都應體現“以客戶為中心”的管理思想，保證滿足客戶的一切合理要求，維護穩定的客戶關系，提升整個企業的競爭力。
七、冷鏈物流中心庫存管理
庫存管理是指物流過程中商品數量的管理，是生產向消費的過渡階段。生產向消費過渡的時間間隔越長，庫存積壓越多，從而導致占用資金，增加負擔，而庫存過少，又會造成供不應求，喪失市場機會，所以，對于庫存要加以合理化控制。庫存管理包括：儲藏設施的選擇是自有還是租賃，儲藏設施的布局和設計，產品組合的考慮，安全和服務流程，人員培訓及生產率測算等。
八、冷鏈物流信息管理
冷鏈物流信息系統，是通過對企業冷鏈物流相關的信息進行收集、傳輸、加工處理來實現對冷鏈物流的有效管制和管理，并為冷鏈物流管理人員提供戰略及運營決策支持的人機系統。冷鏈物流信息系統是提高冷鏈物流運營效率、降低冷鏈物流總成本和實現冷鏈物流信息化管理的重要基礎設施。
九、冷鏈物流成本控制
冷鏈物流成本控制是指企業根據一段時期內預定的目標，在其目標完成的過程中對影響成本的一系列因素進行預防和調節，以保證目標完成和成本最小化。這也是冷鏈物流經濟效益的量化指標。冷鏈物流成本控制涵蓋以下幾個方面：冷鏈物流成本的計劃與預算，冷鏈物流成本核算，冷鏈物流勞動定額，冷鏈物流考核指標和方法，冷鏈物流成本控制措施等。
十、冷鏈物流質量控制
質量控制是為了達到質量要求而采取的一系列技術活動。決定冷鏈物流質量的因素是多方面的，包括商品質量、服務質量、工作質量、工程質量等。在冷鏈物流中，我們著重強調冷鏈物流商品質量，即在冷鏈商品流通過程中必須注意冷鏈物流作業的速度和質量以及溫度控制，將易腐的生鮮食品從產地收購、加工、儲藏、運輸、銷售直到消費的各個環節都置于適當的低溫環境中，以保證食品的質量，減少食品的損耗，防止食品的變質和污染。
