（一）系統性原則
冷鏈物流系統在設計時，必須綜合考慮、系統分析所有對設計有影響的因素而獲得最優方案。首先，從宏觀上來看，冷鏈物流系統在整個社會經濟系統中不是獨立存在的，它是社會經濟系統的一個子系統，應與其他社會經濟子系統相互融合、相互促進。其次，冷鏈物流系統本是有若干子系統，如冷庫、冷藏運輸與配送、倉儲系統、信息系統等。這些系統之間既相互促進，也相互制約，即存在大量的“效益背反”現象，要求我們在進行冷鏈系統設計時對系統內部也要系統地考慮。因此，在進行冷鏈系統設計時，必須堅持發揮優勢、整合資源、全盤考慮、系統最優的系統性原則。
（二）可行性原則
冷鏈系統設計必須要考慮現有的可支配資源，必須符合自身的實際情況，無論是從技術上還是從經濟上都可以實現。為了保證可行性原則，在進行冷鏈系統設計時，要與總體的物流發展水平、社會經濟總體水平及經濟規模相適應，既要有前沿性和發展性，又不能超過本身的整體承受能力，以保證冷鏈物流系統設計的實現。
（三）經濟性原則
在冷鏈物流系統的功能和服務水平一定的前提下，追求成本最低：或者在既定成本的約束下，追求服務水平最高，以此來實現系統自身利益的最大化，主要體現在如下四個方面：
1. 連續性
良好的冷鏈系統設計和節點布局應該能夠保證冷鏈各要素在運作過程中的順暢性，消除無謂的停滯，保證整個流程能夠無縫銜接，以避免無謂的浪費。
2. 柔性化
在進行冷鏈物流系統設計時，要充分考慮各種因素的變化對系統帶來的影響，便于后續的擴充和調整。
3. 協同性
在進行冷鏈物流系統設計時，要充分考慮冷鏈系統的兼容性問題，或者說是冷鏈系統對不同要素的適應性。當不同的冷鏈要素都能夠在一個系統中運行時，該系統的協同性好，能夠發揮協同效應，降低整個冷鏈系統的成本。
4. 利用率
冷鏈物流中的冷庫建設和冷藏車的購置需要的投資較大，是一般庫房和干貨車輛的3~5倍。冷鏈物流的運輸成本高，因為電費和油費是維持冷鏈的必要投入。因此，必須大大提高冷鏈系統的利用率，才能有效分攤冷鏈費用，降低冷鏈成本。
（四）創新性原則
冷鏈物流系統設計本身就是創新思維的產物，作為一種新型的管理模式，冷鏈系統設計要堅持創新性原則。與國外發達國家相比，我國冷鏈設施相對落后，冷鏈效率低。因此，在冷鏈物流系統設計時，應充分學習與借鑒先進的冷鏈設計理念，在結合自身技術的基礎上，要敢于突破陳規，大膽質疑現有的物流管理方法，采用新的更先進的物流技術，從新的角度和視野來審視原有的物流模式和體系，進行創造性的創新規劃與設計。
（五）服務性原則
在當今消費者占主導地位的時代，一切經濟活動都必須以市場為中心、以客戶為中心。在冷鏈物流系統設計時，必須以客戶為中心，從客戶角度和立場來看問題，堅持服務至上原則，而不是以自我為中心、以產品為中心。
