消毒劑是指用于殺滅傳媒介體上的有害微生物，使其達到無害化的制劑。消毒劑是冷庫管理過程中經常使用的藥品之一，選擇使用得當，能夠保證冷庫內存放商品的安全：若使用不當，不僅會對冷庫內所存放的商品造成污染，甚至會危害人類的健康。目前，用于冷庫消毒的常用消毒劑有以下幾種。
（1）乳酸 純品為無色液體，工業品為無色到淺黃色液體，無臭，味酸，呈弱酸性，易溶于水，對細菌（如傷寒桿菌、大腸桿菌、葡萄球菌、鏈球菌）真菌、病毒等有較強的殺滅和抑制作用。不僅適用于房間、倉庫、冷庫的殺菌與消毒，而且還能夠用于食品的防腐與保鮮。它能除霉、殺菌，而且在庫內有無肉類都可以使用，同時也能除臭味。
使用方法：先將庫房出清打掃干凈，每立方米用1L粗制乳酸，每份乳酸再加1~2份清水，將混合液放在搪瓷盆內，置于電爐上加熱蒸發，一般要求將藥液控制在0.5~3h蒸發完。然后關閉電爐，密閉庫門達6~24h，使乳酸與細菌或霉菌充分作用，以期達到消毒的目的。
（2）二氧化硫（SO?） SO?是無色、有刺激性氣味的氣體，密度大于空氣，易液化（沸點-10℃）。一定濃度的SO?具有殺菌、防腐、防褐變和延緩果實衰老的作用，結合冷藏還可獲得較好的果實保鮮效果。SO?對水果中常見的真菌病害如灰霉菌等有較強的抑制作用，使用劑量適宜，對果品品質無影響。用SO?處理過的新鮮果品，其代謝過程也會受到一定的抑制。
利用SO?進行殺菌時，常用的方法有：硫黃熏蒸處理、采用SO?緩釋劑如用重亞硫酸鹽（亞硫酸氫鈉、亞硫酸氫鉀或焦亞硫酸鈉）緩慢釋放SO?氣體。
消毒方法：可以點燃硫黃熏蒸，用量大約為10g/m3，如果庫內設備、容器或產品已發生過微生物病害或生霉的問題，硫黃用量可適當增加。熏蒸時關閉庫門和通風系統，點燃硫黃熏14~28h后，繼續閉24~48h，然后打開通風系統和庫門，徹底排除殘留的二氧化硫氣體，因殘留的二氧化硫濃度過高，可能會傷害產品。硫黃燃燒產生的二氧化硫氣體遇水生成亞硫酸，對微生物有強烈的破壞作用，從而可抑制其繁殖生長，避免產品發生腐爛或微生物病害。同時亞硫酸也能腐蝕金屬材料，因而應特別注意加以保護。另外SO?對人體呼吸道和眼睛等有強烈的刺激作用，工作人員在冷庫內操作時，應戴防護面具。
采用SO?緩釋劑處理時先將重亞硫酸鹽與研碎的硅膠混勻，比例為（2~3）：1，根據庫房面積，將混合物分成若干小份，每份混合藥物3~5g：也可將藥物預先夾在雙層紙的隔板中。
（3）漂白粉[Ca（ClO)?] 漂白粉的主要成分為次氯酸鈣[Ca（ClO)?]，為白色粉末或淡黃色粉末，有氯的氣味。具強腐蝕性，稍能溶于水，溶液呈堿性，外觀渾濁，有大量沉渣，通常取其上清液使用。漂白粉穩定性差，存放過程中可逐漸分解，使有效氯含量降低，使用之前要仔細核對有效期。
使用方法：稱取適量漂白粉（有效氯25%~30%），先加少量水拌勻再配成100g/L的溶液，用上清液按1.0kg/m的量涂刷內墻。也可按庫容每1m3用40mL的量噴霧。
注意事項：消毒后庫房必須通風換氣、除味方可投入使用。
