對于已經入庫的食品，需要按照食品的不同種類和不同的冷加工最終溫度分別存放。如果冷藏間較大，而某種食品數量較少，單獨存放不經濟時，或冷藏間少而需要貯存的食品種類較多，不可能單獨存放時，可以考慮不同種類的食品混合存放，但應以不互相串味為原則，并應分別堆碼。具有強烈氣味的食品如魚蒜、蔥、乳酪等和貯藏溫度不一致的食品，應嚴格禁止混放在一個冷藏間內。可以混合堆放的食品見表10-3中所列的六大類。注意同類的食品可以混合貯藏，不同類之間的食品則不能混合貯藏。未列入表中的食品應單獨存放。
冷庫中的食品應按照不同品種放在清潔的墊倉板或托盤上，要求商品不能超出墊板或托盤四邊，碼放整齊，標識清楚，且需要留出1~2cm，禁止直接放在地上。貨堆上應覆蓋蘆席或篷布，以免灰塵、霜雪落入而污染食品。垛與墻之間留有15cm，垛與垛之間應留有20cm的間隙，便于空氣的流通。如是不同種類的貨堆，其間隙應不小于70cm。庫內留有合理的走道，便于庫內操作、車輛通過設備檢修，并保證安全。食品在堆碼時，應與墻壁或排管有一定距離，以免損壞設備和使冷卻貯藏的食品凍壞或過度干縮。
在冷藏過程中，應經常對食品進行檢查，并定期對食品、冷藏間的空氣進行測定和分析，以檢查微生物污染的情況。如發現有軟化、霉爛、腐敗變質和感染等情況，應及時采取措施，分別加以處理，以免感染其他食品造成更大損失。庫內的食品全部出庫后，應對庫房進行通風換氣，利用風機排出庫內的渾濁氣體，換人經過濾的新鮮空氣。
