由于冷藏集裝箱總是處于運動之中，因此冷藏集裝箱必須十分堅固，能經受惡劣的運輸條件。要保證整個運輸過程的安全性和運輸食品的品質，制冷系統必須滿足以下要求：
（1）實現加熱、冷卻和除霜全自動控制，實現遠程監控，減少人力在整個過程中的消耗；
（2）實現動力的多元化，增加制冷系統的靈活度，制冷系統既可獨立驅動，又可接外部電源；
（3）根據所裝載食品的要求，可以在一定范圍內調整溫度，溫度偏差小，最好能在運輸過程中實現“3T”監控；
（4）制冷系統結構結實，耐沖擊強度高，抗震動性能好，在運輸中不會發生泄漏或斷裂；
（5）能夠實現換氣，換氣系統可為每立方米冷藏集裝箱提供50m3/h左右的新鮮空氣；
（6）箱體內的空氣相對濕度能控制在85%~95%，減少食品運輸過程的干耗。
就制冷系統而言，冷藏集裝箱相當于小型冷藏庫的一個單間或組裝式冷藏庫，多為風冷冷凝機組，采用直接吹風冷卻，箱體內的溫度調節范圍較大，一般可保持在-18~-12℃。
