水預(yù)冷的最大問題是易引起果蔬的腐敗。產(chǎn)生的原因主要是預(yù)冷后的產(chǎn)品帶有較多的細菌。這些細菌大多數(shù)為低溫性細菌，它們在土壤、空氣中都能見到，即使在0~10℃下預(yù)冷，也會生長和繁殖。
水預(yù)冷引起果蔬腐敗變質(zhì)與冷卻后產(chǎn)品的瀝水不充分有直接的原因。若在運輸和貯藏中包裝物內(nèi)濕度過大，加之通風(fēng)不良，經(jīng)過一定時間后，水分蒸發(fā)、品溫上升，就會產(chǎn)生惡性循環(huán)，使果蔬腐敗。
另外，果蔬在產(chǎn)地或運輸中產(chǎn)生碰傷，在水預(yù)冷后，就會加速果蔬的腐爛。因此，在采摘、加工中要輕拿輕放，防止損傷。
