無論采用何種冷藏運輸方式，運輸管理都必須堅持及時、準確、經濟、安全的基本原則。
及時。按時把貨物送到指定地點是最重要的，同時也是最難做到的。在實際運輸中，經常出現貨物遲到的現象，這對于企業的銷售影響很大，甚至因此失去客戶。對于冷藏運輸來說，不及時送到，對于貨物的質量有很大的影響。尤其是沒有機械制冷裝置的運輸工具，如常溫或保溫汽車，路上運輸的時間越長，對貨物的影響就越大。
準確。在運輸的整個過程中，要防止各種差錯的出現。比如，貨物多發、少發、漏發等。另外，在冷藏運輸開始之前，承運人應該掌握準確的裝卸貨點，核對聯系人的姓名、電話等，防止冷藏貨物長時間存放在運輸工具上。
經濟。這主要是運輸成本的問題。在運輸方式和路線的選擇、運量和運價的確定等各個環節都要考慮運輸成本。冷藏運輸的運價都比較高，尤其是在高溫季節，冷藏運輸往往供不應求，價格很高，所以應該從運輸組織的角度，合理地組織貨源、采用正確的包裝、提高裝卸效率、選用正確的運輸方式等。
安全。安全就是要順利地把貨物送到客戶手中。包括車輛的運行安全和貨物的安全等內容。對于車輛的安全來說，應該保持運輸車輛良好的性能，選用駕駛技術好、經驗多的司機。對于貨物安全來說，要做好防盜、防損等措施。
