冷藏集裝箱的散熱量。每個冷藏集裝箱的散熱量會受許多因素影響，例如工作模式、箱內外溫度、貨物種類等。通常，冷藏集裝箱的最大散熱量都可以從生產廠家的技術說明中得出，其計算公式如下：
冷藏集裝箱的散熱量=制冷量+壓縮機耗功
冷藏集裝箱在貨艙時的散熱。當冷藏集裝箱裝載在船舶甲板下時，散熱不會有任何問題。隨著單船冷藏集裝箱裝載量的不斷增加，必然有一定數量的冷藏集裝箱裝載在甲板下方的船舶貨艙中，為保持冷藏集裝箱的正常工作，其散熱必須及時排出貨艙。
目前，常用的貨艙散熱方式如下：
直接風冷式。采用直接風冷就是直接將周圍環境空氣用風機進行通風冷卻。
水冷式冷凝器。對于同時配有風冷式冷凝器和水冷式冷凝器制冷裝置的冷藏集裝箱，當冷藏集裝箱裝載在貨艙中時，可啟用水冷式冷凝器解決冷藏集裝箱的散熱問題。但必須注意的是，由于冷藏集裝箱的壓縮機等散熱部件依然在放熱，因此在貨艙中還需要有一定量的通風散熱。為減少對制冷裝置冷凝器的腐蝕，制冷裝置一般都采用淡水作為冷凝器的冷卻水，而淡水本身又由海水進行冷卻。
蒸發冷卻式。蒸發冷卻式的工作原理就是將細小的水霧噴人空氣氣流中，使水快速蒸發，以吸收汽化散熱而使環境溫度下降。采用這種方式散熱的優點是可大大減小通風量，利用較小的風量可獲得較好的冷卻效果。由于冷藏集裝箱能在潮濕環境中工作，因此采用蒸發冷卻式散熱對冷藏集裝箱而言無任何危害。但采用蒸發冷卻式對淡水的耗量較大，船上要有充足的淡水來源。與直接風冷式相比，采用蒸發冷卻式，通風冷卻所需的空氣量可減少一半，即每只冷藏集裝箱所需風量是30立方米/分鐘。而由于船舶在海上航行時日夜溫差較大，因此，通常只有在白天高溫時段才需要采用蒸發冷卻式；而在夜晚等外界氣溫較低時，僅采用直接風冷式就可滿足貨艙的散熱問題。
