水路運輸的主要工具是冷藏集裝箱和冷藏船。
利用低溫運輸易腐貨物的船只稱為冷藏船。冷藏船主要用于漁業，尤其是遠洋漁業。遠洋漁業的作業時間很長，有時長達半年以上，必須用冷藏船將捕獲物及時冷凍加工和冷藏。此外由海路運輸易腐食品也必須用冷藏船。冷藏船運輸是所有運輸方式中成本最低的，但是在過去，由于冷藏船運輸的速度很慢，而且受氣候影響，運輸時間長，裝卸很麻煩，因而使用受到限制。現在隨著冷藏船技術性能的提高，船速加快，運輸批量加大，裝卸集裝箱化，冷藏船運輸量逐年增加，成為國際易腐食品貿易中主要的運輸工具。
冷藏船分為兩種類型:漁業冷藏船和運輸冷藏船。
運輸冷藏船包括集裝箱船，主要用于運輸易腐食品和貨物。它的隔熱保溫要求很嚴格，溫度波動不超過±0. 5℃。冷藏船按發動機型式可分為內燃機船和蒸汽機船，目前趨向于采用內燃機作為驅動動力，其排水量海船從2 000t到20 000t，而內河船從400t到1 000t。
冷藏船上貨物堆放在船體貨艙(水下部分)和隔倉(水上部分)中，水下艙四周接觸海水，而水上艙必須遮蔽，以減少太陽照射所傳入的熱量。當貨艙高度約3.5m和隔倉高度2.5m時，其所具有的總容積從1000-6 500m3。目前，冷藏船的貨物容積有增大的趨向，有的達到25 000m3。
冷藏船上一般都裝有制冷裝置，船艙隔熱保溫，多采用氨或氛利昂制冷系統，制冷劑主要是NH? 、R22和R???。冷卻方式主要是冷風冷卻，也可以向循環空氣系統不斷注入少量液氮，還可以用一次性注入干冰或液氮等方式進行冷卻。
制冷機房設置在隔倉間或在主機間，氨制冷機多半設置在隔倉，這里通風良好，當發生事故時，人們逃離方便。氟利昂制冷機組設置在主機間。為了防止氨系統發生事故時，氨氣向其他房間散發，氨制冷系統應設置在單獨的房間內。冷間的降溫是通過不同溫度的鹽水系統來完成。
運輸冷藏船的冷藏容積在3 500m3時，制冷機組的制冷量為4.7X102kW，而對于同容積的漁業船來說，如果帶有凍結裝置，則要求制冷量更大，如凍結量為50t/晝夜時，則制冷量高達1.2 X 103kW。當冷藏溫度越低時，所需的制冷量越大。
